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船舶運輸過程中，為保持船舶穩定性，必要時需打入「壓艙水」以保持平衡，但壓艙水中可能攜帶當地的水生生物，需使用「壓艙水處理系統」淨化含於壓艙水及沈積物中的水生生物與病原體，避免影響海洋環境與生態平衡。 陽明海運依照國際船舶壓艙水和沉積物控制與管理公約（BWM），船舶加裝壓艙水處理設備，並完成新版壓艙水管理計畫書（BWMP） 送審與送船。相關壓艙水管理皆受 PSC（各國海事單位） 檢查，符合各港口國的要求。
2022實績
2022 並未發生重大洩漏事件。
2022 年完成通明、近明、悅明、遠明、來明共5 輪壓艙水設備之安裝，並完成新版 壓艙水管理計畫書（BWMP） 送審。
截至2022 年底，自有船已有44 艘安裝壓艙水系統，佔比約86%。
預計2024 Q1 前完成所有船舶加裝壓艙水設備。
生物多樣性
BIODIVERSITY
本公司於2022 年與海洋大學「海陽合作框架- 陽明智庫」委託研究案：「適用於貨輪船之壓艙水處理方式的研究與探討」，針對化學藥劑在處理船舶壓艙水的成本與生物處理有效性進行分析。 透過此類研究計劃，嚴謹負責的檢視本公司船舶的壓艙水處理機制，並持續尋找更合適的作法以降低對海洋生態的衝擊。
保護藍鯨船舶減速計畫
每年5 月至11 月，為了避免船隻於於南加洲及舊金山灣海域撞擊瀕臨絕種的藍鯨、座頭鯨和長鬚鯨等大型海洋生物，使鯨魚得以平安遷徏至該水域覓食，本公司自2016 年起持續響應美國國家海洋暨大氣管理局（NOAA, National Oceanic and Atmospheric Administration）所主導保護藍鯨船舶減速計畫（“Protecting Blue Whales & Blue Skies”Program），船隊自主性減速至10 節以下，2022 年度獲頒最高殊榮藍寶石獎肯定。保護澳洲大堡礁
本公司屬輪靠泊澳洲雪梨港、墨爾本港及布里斯班港，自亞洲港口駛往上述港口期間一律採用含硫量低於0.5% 之低硫油，依照氣象導航公司之建議航路航行於大堡礁東邊的PSSA（Particularly Sensitive Sea Area）水域，未在大堡礁核心水域航行，以維護珊瑚礁，展現本公司保護海洋生態環境之用心與決心。亞洲型舞毒蛾規範
本公司船隊遵守美國農業部（USDA）、動植物衛生檢驗局（APHIS） 和加拿大食品檢驗局（CFIA） 聯合發布之亞洲型舞毒蛾Asian gypsy moth （AGM） 公告，對於在特定風險期內停靠AGM 監管區域的船舶，採取以下措施：- 船舶由認可的認證機構進行檢查和無AGM 之認證。
- 船舶必須在無AGM 的情況下抵達北美港口；抵港後若被發現AGM，港口當局除了要求出港清潔，亦必須在船舶完全清理AGM 後再重新申請進港，以降低AGM 進入北美的潛在風險；為避免延誤船期，航運公司必須在抵港前進行密集的船舶自檢，以尋找、移除（刮掉）AGM 和在進入美國與加拿大港口之前，妥善處理或銷毀所有卵塊和任何狀態的AGM。
- 船舶需在抵達北美港口前至少96 小時向船舶的加拿大或美國代理提供兩年的停靠港清單。
本公司貨櫃的竹木地板需符合陽明測試要求，組裝前按照澳大利亞聯邦衛生和運輸部貨櫃檢疫程序並符合澳大利亞檢疫檢驗局的要求進行永久防腐處理。貨櫃使用後每次交接檢查必須符合The Institute of International Container Lessors (IICL) 規定，完成清潔，不能留有有機物質，此外船體採用新式不含鍚的船用油漆，避免海洋污染，以維護生物多樣性。